оментът от който води началото си средновековната история на Западна Европа условно се счита годината 476, през която бил свален последният император на Западната Римска Империя. Тогава в Северозападна Европа все още нямало нито една държава, а земите ѝ били покрити с гъсти гори и блата. Хората населяващи тези територии живеели според правилата на родово-племенните взаимоотношения.

В първите векове след Христос в Евразия започнало Великото преселение на народите. В търсене на по-добри земи, многобройни племена се придвижвали от изток на запад и от север на юг. Отслабената по това време Западна Римска Империя не успяла да удържи на натиска на варварите. През V в. те се разселили по цялата ѝ територия, а робите и крепостните селяни преминали на страната на завоевателите.

Варварските народи, които завзели земите на Западната Римска Империя се намирали на етап формиране на класи и държави, т. е. установяването на цивилизация там тепърва започвало. По тази причина те не успели да станат пълноценни приемници и продължители на късноантичните традиции, за усвояването на които които било нужно време. Феодалният Запад дълго време изоставал от средновековния Изток, където икономическият и културен подем на първото хилядолетие се опирал на здравите основи на източно-римските и византийски традиции. Единственото, което Западът унаследил изцяло от Римската Империя е Християнството.

Би било неправилно обаче да смятаме, че средновековието в Западна Европа се явява крачка назад в културната история на човечеството. Западноевропейският феодализъм е резултат от синтеза на влияещите си една на друга римски и германски традиции. Народите на Западна Европа преминават по сложен път от родово-племенни отношения до развит феодализъм, установяването на който приключва към XI в. През това време те създават своеобразна култура, която се превръща във фундамент за по-нататъшното развитие.

Християнската религия изиграла важна роля във формирането на западноевропейската цивилизация. Още в периода на късната античност, с утвърждаването на християнството, грижата за болните се превърнала в основен приоритет на църквата. Василий Велики през 370-379 г. построил в Кесария цял град за болните, наречен „Базилия“. По-късно, с развитието на лекарското изкуство, благодарение на църковните пожертвования в Константинопол били създадени множество лечебници. През V в. според устава на Св. Бенедикт монасите се задължили да се грижат и да лекуват болните, а част от манастирите започнали да работят като приюти и лечебници. По разпореждане на тогавашния римски папа Григорий Велики (590-604 г.) в Европа били построени много нови болници и столови за бедните.

Болницата през средновековието била място, намиращо се под покровителството и защитата на църквата. Известна част от духовниците, посветили се на медицината, заемали високо положение в обществото. Така например папа Йоан XXI преди избирането си за глава на църквата през 1276 г., успешно практикувал в Лион като лекар под името Петър Испански. Макар че още през XII в. в европейските градове се появявили болници, основани от светски лица, до средата на XIII в. повечето от тях били управлявани от монашески ордени. Тези приюти, разположени на края на града, или до градските стени по правило предлагали чиста постеля, добра храна и внимателна грижа за болните.

По-късно в болниците започнали да се назначават лекари, непринадлежащи към определен орден. В XII-XIV в. болницата престанала да бъде църковна институция в строгия смисъл, но продължила да се намира под покровителството на църквата и затова имуществото ѝ било неприкосновено. Това имало голямо значение за организацията на лечебната дейност. По-състоятелните хора влагали средства в болниците като по този начин ги съхранявали. Болниците можели да придобиват земи, да предоставят заеми и да ползват от зърнените запаси в случай на недоимък.

Религиозните схващания през средните векове подбуждали хората да търсят в църквата не само утешение и помощ, но и изцеление, за което свидетелстват множеството запазени документи. Погрешно е обаче да се мисли, че средновековната медицина се уповавала единствено на молитвите. При отделните случаи се прилагали различни методи на лечение, известни на монасите от медицинските книги. Още в периода на ранното средновековие манастирите, разполагащи със скриптории и библиотеки, станали центрове на книжната култура.

В средновековните манастири се създавали лечебници, които в началото били предназначени за монашеското братство, но с увеличаването броя на приходящите (основно верующи бежанци от Британските острови) се наложило те да бъдат разширени. Монасите посветени в лечебното изкуство отглеждали билки в манастирските градини. Често манастирът разполагал със собствена аптека и бил място, където болните от околността можели да получат помощ и съвет. Един от най-известните лечебни центрове в началото на IX в. бил манастирът в Сен Гален.

Съществуващата традиция за учредяване на монашески ордени, които да се грижат за болните продължила в епохата на Възраждането и Новото време. Така през 1534 г. възникнал Орденът на милосърдните братя, а през 1627 г. – Орденът на милосърдните сестри.

В периода на класическото средновековие идеологията на европейското общество се определяла преди всичко от църквата. До средата на XI в. християнската църква била единна, но през 1054 г. се разделила на западна (католическа) и източна (православна), след което всяка от тези църкви се обособила, придобивайки пълна самостоятелност.

Съгласно християнската религия, знанието имало две нива: свръхестествено знание, което се давало в „откровенията“ и Библейските текстове и естествено – извличано от човешкия разум и изложено в текстовете на Платон, Аристотел и други антични автори, признати или канонизирани от християнството. Задачата на учените се свеждала единствено до потвърждение на тези текстове с нови данни. На тази основа се оформила средновековната схоластика (от гръцки σχολαστικός) – вид религиозна философия, отличаваща се с принципното подчинение в мисленето на авторитета на догматичната вяра.

В областта на медицината главни авторитети били Гален, Хипократ и Ибн Сина (Авицена). Техните съчинения, подбрани и рецензирани от църковните служители се заучавали наизуст. Средновековните схоластици изключили от учението на Гален неговите безпрецедентни експериментални постижения в областта на строежа и функциите на живия организъм, докато в същото време някои негови теоретични представи (за целесъобразността на всички жизнени процеси в тялото, за „пневмата“ и свръхестествените сили) били издигнати в религиозна догма и станали символи на средновековната схоластична медицина. По този начин възникнал и галенизма – изкривено, едностранчиво тълкувание на учението на Гален. По-късно, в епохата на Възраждането и след него, в резултат на титаничните усилия на множество анализиращи и отстраняващи грешките медици, истинското съдържание на учението на Гален било възстановено.

В средните векове опитите за преосмисляне и преработка на свещените църковни догми били жестоко преследвани. Пример за това е Роджър Бейкън – изключителен мислител на своето време, възпитаник на Парижкия и Оксфордския университет. Той се обърнал към първоизточниците и опита като метод за изследване, за което прекарал 24 години в затвора, излизайки оттам в дълбока старост. Дейността на Бейкън, който получил прозвището „чудодейния доктор“, била тясно свързана със средновековната алхимия. Често назовават алхимията лъженаука, но всъщност тя е закономерен етап в развитието на съвременната химия, преминала през няколко исторически периода – алхимия, ятрохимия, флогистика и др.

Корените на алхимията водят към изкуството на древноегипетските жреци, които изготвяли сплави от различни метали, между които и злато. „Метализираната земя“ в Древен Египет се използвала за изготвяне на оръдия на труда, ювелирни изделия и култови погребални предмети. В откритите в гр. Тива при разкопките през 1828 г. папируси, отнасящи се към 300 г. сл. Хр. са описани 250 рецепти за получаване и преобразуване на различни химически вещества. Изкуството на древните египтяни било възприето от древните гърци, като думата „химия“ (гр. χημεία) според мнозина идва от "Kemet" (старото име на Египет). През VII век арабите добавили представката „ал“, която се запазила чак до XVI век.

Преводът на арабските алхимически ръкописи на латински език, започнал през XI в. и предизвикал алхимически бум в Западна Европа. В периода от XII до XVI в. европейските алхимици открили железния сулфат, амониевия карбонат, антимонът и неговите съединения и усвоили методите за получаване на хартия и барут. Поставяйки пред себе си определени практически задачи, те разработили много химически методи и създали подобаваща за онова време теория за веществото.

Главна цел на европейската средновековна алхимия станала превръщането на неблагородните метали в благородни. Смятало се, че това става под влиянието на „философския камък“, в търсенето на който насочили усилията си много поколения алхимици. На този „камък“ се приписвали и чудодейни свойства на изцеление от всички болести и възвръщане на младостта. С алхимия започнали да се занимават крале и велможи, богослови, лекари и даже хора без титли и професии. Въпреки безспорните научни успехи, схоластиката оказвала възпиращо влияние на алхимията, а заедно с нея и на фармацията.

Истинските учени от периода на развитото средновековие все пак успявали да погледнат на въпроса за превръщането на веществата от позицията на разума. Сред тях били Арнолд де Виланова, написал трактата „За отровите“ и Роджер Бейкън – автор на трудовете „Могъществото на алхимията“ и „Огледалото на алхимията“. „Не трябва да прибягваме към магически илюзии, написал Бейкън, когато науката има достатъчно сили, за да възпроизведе действие“. Той е един от първите, разкритикували схоластиката и провъзгласили експеримента като единствен критерий за знание. В понятието алхимия той включил изучаването на растенията, почвите, животните, а също така и медицината. По това време алхимията и лечебното изкуство били тясно преплетени, а добрите доктори и познавачи на лекарствата, били същевременно и велики алхимици.

Виден представител на това новаторско аналитично течение е знаменитият алхимик, лекар и философ Парацелз. Той бил от швейцарско-немски произход и се смята за един от основателите на ятрохимията. Като млад успял да получи завидно добро за времето си образование, но в по късна възраст заради революционните си идеи станал обект на завист и преследване от страна на своите по-консервативни колеги.

Първите висши училища по медицина в Западна Европа се появили в Италия като най-старата от тях била Салернската медицинска школа, основана през IX в. Тя оказала голямо положително влияние върху медицината в средновековна Европа, превръщайки се в център, от който се разпространявали идеи, чужди на схоластиката. Най-великото съчинение на Салернската медицинска школа за цялата ѝ хилядолетна история е кратката поема „Салернски кодекс на здравето“ („Regimen sanitatis Salernitanum“). Нейният автор останал неизвестен, но по-късно била анотирана и редактирана от Арнолд де Виланова (1235-1311 г.), прославен средновековен учен, лекар и химик, впоследствие магистър в университета в Монпелие. Тази поема е посветена на диететиката и предпазването от заболявания. В нея има информация за строежа на човешкото тяло и описание на четирите основни темперамента.

Медицината в средновековна Европа като цяло се развивала в сложни и неблагоприятни условия, но обективните закономерности в прогреса на обществото и логиката на научното мислене неизбежно способствали за формирането в нейните недра на зародиша на бъдещата медицина от великата епоха на Възраждането. Школата в Салерно, намираща се в близост до Неапол притежавала светски характер и наследила най-добрите традиции от античната медицина. През 1213 г. тя била преобразувана в университет, обучението в който продължавало 5 год., след което имало 1 год. задължителна лекарска практика. Хора от цяла Европа, търсещи изцеление и знания се стичали в университета в Салерно.

След като болниците се превърнали в градски учреждения, а лекарите в тях се назначавали не от църквата, значението на медицинските училища в Салерно, Падуа, Монпелие и Болоня силно нараснало. На тяхната основа по-късно били създадени университети, отличаващи се с традиционно високо ниво на преподаване на медицина.